功能性疾病虽为良性疾病，但常反复发作，病程较长，患者多四处就医，重复做大量检查，不仅耗费大量医疗资源，给个人和社会均带来巨大经济负担，也使患者身心俱疲，严重影响其生活和工作，生命质量低下。
引起功能性消化不良的主要原因包括：
1、胃肠动力障碍，主要是胃肠道蠕动异常，可出现胃食管反流引起腹痛、烧心、反酸、恶心、呕吐等。
2、胃酸分泌异常可引起腹胀、嗳气等症状。
3、幽门螺杆菌感染也是引起消化不良的主要因素。
4、精神心理因素可出现中枢神经系统对内脏高敏感性增强，引起功能性消化不良。
5、胃肠道激素的紊乱可影响胃动力、胃泌素以及胆囊收缩等，可出现胃肠功能障碍。
由于功能性消化不良的发病可能有多种因素的参与，需采取综合治疗。一般治疗主要是生活饮食的调控，如忌油腻、辛辣、生冷刺激食物、浓茶、咖啡、碳酸饮料、烟、酒，调整生活饮食习惯，七分饱，细嚼慢咽，多吃蔬菜、粗粮，多运动。
如果出现腹痛，可以用抗酸剂治疗。如果上腹部不适，尤其是餐后出现疼痛或者是其他情况，可以选用促胃肠道动力药物。如果合并有幽门螺杆菌的感染，需要接受幽门螺杆菌治疗，如用胃三联、胃四连根除幽门螺杆菌。如果合并有精神方面的问题，可以合用精神科类药物，抗焦虑抗抑郁类的药物，具体情况具体分析。
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