一般来说，CT对所有器质性疾病都可以进行检查，尤其对密度差异大的器质性占位病变都能检查出来并做出定性诊断。
但最适于CT检查的病是脑部疾病，其中对肿瘤、出血及梗塞等病检查效果最好，其次是腹部实质脏器的占位病变，如肝、脾、胰、肾、前列腺等部位的肿瘤，对乳腺、甲状腺等部位的肿块也能显示并做出诊断；再其次则是对胸腔、肺、心腔内的肿块，脊柱、脊髓、盆腔、胆囊、子宫等部位的肿块检查。
就像医学的许多方面一样，使用CT既有好处也有风险。主要的风险是与检查结果显示为良性或偶然发现，导致不必要的、可能是侵入性的后续检查，可能带来额外的风险和x射线照射诱发癌症的可能性增加。
CT的放射剂量
最能评估评估CT手术癌症风险的“有效剂量”。有效剂量以毫瓦（mSv）为单位。有效剂量允许比较与部分或全身辐射暴露相关的风险估计。结合了人体不同器官对辐射的不同敏感性。
CT检查的放射剂量因人而异。具体的辐射剂量将取决于要检查的身体部位的大小，程序的类型，CT设备的类型及其操作。
辐射剂量的典型值应视为无法与任何患者，检查或CT系统类型准确关联的估计值。手术的实际剂量可能是估计剂量的两倍或三倍或更少。
执行“筛查”程序的设施可以将辐射剂量调整为低于诊断CT程序通常使用的辐射剂量（例如所谓的“低剂量CT扫描”的1/2至1/5）。
但是，没有全面的数据来估计这种做法的程度，并且减少剂量会不利地影响所产生的图像质量。在某些成像应用中，这种降低的图像质量是可以接受的。
根据CT程序的类型，患者的大小以及CT系统及其操作技术的不同，诊断CT程序的有效剂量估计值可能相差10倍或更多倍。
