外伤
睾丸处于隐蔽位置，容易受到外力损伤，进而引起睾丸萎缩。腹股沟手术可能发生医源性损伤，损伤睾丸和输精管的血供，从而影响生殖功能。
全身性疾病
如肾衰竭、肝硬化、镰状细胞病等疾病。
睾丸炎
青春期后流行性腮腺炎患者约30％有睾丸炎，且多为单侧；双侧发病约占10 ~ 30％，感染后几个月到几年会出现不可逆的睾丸萎缩。
病理切片显示严重的间质水肿和单核细胞浸润，最后曲细精管萎缩，严重的双侧睾丸炎会导致高促性腺激素性性腺功能减退和乳房女性化，自从腮腺炎疫苗问世以来，重症患者已经非常少了。梅毒螺旋体侵犯双侧睾丸和附睾，导致弥漫性间质炎症、子宫内膜炎和牙龈肿胀，未经治疗的淋病和麻风病也会引起睾丸炎。
睾丸
免疫性不育
2％ ~ 10％的不孕与免疫因素有关，抗精子抗体是免疫性不孕的重要原因。
精子具有抗原性，部分精子在男性生殖道持续吸收。但在大多数情况下，免疫系统既不能识别也不能对其做出反应，因此不会产生抗精子抗体。
大量研究表明，男性生殖道存在系统和局部免疫调节机制，限制抗体产生的机制尚不十分清楚。血睾屏障分离抗原虽然很重要，但睾丸网不能完全保护抗原，血附睾屏障分离抗原也不完全，精子仍然可以通过睾丸网和血液-附睾屏障接触免疫系统。
因此，血睾屏障只是保护机制的一部分，还受到局部免疫抑制因子的保护，精液中含有多种免疫抑制物质，如锌化合物、糖类、多肽、乳铁蛋白和前列腺素等，具有一定的免疫抑制作用。精浆中的免疫反应因子可以直接作用于精子抗原，覆盖抗原决定簇，精浆还能抑制各种有效有丝分裂原对淋巴细胞的激活，抑制巨细胞的激活、单核细胞和自然杀伤细胞的吞噬。
睾丸
其中，抑制B细胞增殖的物质可能是180kDa蛋白，抑制T淋巴细胞转录的物质可能主要由精氨酸介导。睾丸和附睾中的巨噬细胞通过吞噬精子使抗原迅速消失，从而限制抗原的表达。然而，巨噬细胞也是细胞免疫和体液免疫的启动者，是典型的抗原呈递细胞。在免疫应答过程中，巨噬细胞可以摄取和加工抗原，并在其表面揭示抗原的有效成分，结合特异性自我识别分子呈现给淋巴细胞，从而使机体对这类抗原产生免疫应答。
特发性不育
虽然诊断手段日益完善，但仍有25％的不孕病例精液分析异常，找不到任何病因，统称为男性特发性不孕。
睾丸
由于各种原因的综合作用，这类患者的精液参数表现出各种异常，这种疾病通常以特发性少精子症为特征，但只有约2％的患者有少精子症，35％的患者可能存在精液参数异常，24％精子活力和存活时间异常，仅有10％形态异常，病史和体检不特殊，但激素检查正常，血液FSH水平轻度升高的患者也可以纳入这一类，因为血液FSH水平异常是这类疾病的表现而不是生精功能异常的原因
精液参数正常但人类精子透明带仓鼠卵穿透试验（SPA）异常的患者是否应归入此类，目前尚未达成一致意见。
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