小肠移植很少进行（例如，2019 年美国约有 81 例移植）。由于有针对继发性胆汁淤积性肝病的新疗法和更安全的全肠外营养管线放置技术，因此其使用频率较低。
小肠移植适用于以下患者
• 因继发于肠道疾病（例如，胃裂、先天性巨结肠、自身免疫性肠炎、先天性肠病，如微绒毛包涵体病）或肠切除术（例如，肠系膜血栓栓塞或广泛性克罗恩病）而导致肠道衰竭而有死亡风险
小肠移植
• 出现用于治疗肠衰竭的全肠外营养并发症（例如，继发于胆汁淤积性肝病的肝衰竭、败血症复发、静脉通路完全丧失）
• 有导致阻塞、脓肿、瘘管、缺血或出血的局部浸润性肿瘤（通常是与家族性息肉病相关的硬纤维瘤）
从脑死亡、跳动的心脏捐献者那里获得的器官很复杂，部分原因是小肠可以单独移植，也可以用肝脏移植，也可以用胃、肝脏、十二指肠和胰腺移植。小肠同种异体移植活体捐赠的作用尚未确定。
程序因医疗中心而异；免疫抑制方案也各不相同，但典型的方案包括抗淋巴细胞球蛋白用于诱导，然后是大剂量他克莫司和吗替麦考酚酯用于维持。
小肠移植
每周内窥镜检查用于检查排斥反应。大约 30％ 到 50％ 的受者在移植后的第一年内有一次或多次排斥反应。
排斥反应的症状和体征包括腹泻、发烧和腹部绞痛。内镜检查结果包括粘膜红斑、脆性、溃疡和脱落；变化分布不均，可能难以检测，可通过病毒包涵体与巨细胞病毒性肠炎相鉴别。
活检结果包括钝化的绒毛和固有层中的炎症浸润。
急性排斥反应的治疗是大剂量皮质类固醇、抗胸腺细胞球蛋白，或两者兼而有之。
其他并发症
手术并发症影响 50％ 的患者，包括吻合口漏、胆漏和狭窄、肝动脉血栓形成和乳糜腹水。
小肠移植
非手术并发症包括：移植物缺血、由肠道相关淋巴组织移植引起的移植物抗宿主病、淋巴增生性疾病的后期发展、感染风险增加
小肠移植的预后
仅小肠移植后 3 年的存活率是
患者：65％，移植物：＞ 50％，感染通常会导致死亡。
肝脏和小肠移植的存活率较低，因为手术范围更广，接受者的病情更严重。然而，围手术期后，移植物和患者的存活率均高于单独小肠移植后的存活率，可能是因为移植的肝脏具有保护作用，
通过吸收和中和抗体来防止排斥反应。
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