慢性肾脏疾病的原因包括糖尿病，高血压，局部缺血，感染，阻塞，毒素以及自身免疫和浸润性疾病。
尽管确定慢性肾脏疾病的病因很重要，以便可以采取特定的治疗方法，但是尽管采取了适当的治疗方法，疾病仍会继续发展。
慢性肾脏疾病
高血压
高血压是慢性肾脏疾病的常见原因。全身性高血压会直接损害肾单位中的小血管。肾脏失去了自动调节肾小球滤过流量和压力的能力，导致的超滤表现为蛋白尿和蛋白尿。
当近曲小管重新吸收多余的蛋白质时，血管活性物质的分泌会进一步损害肾小球-肾小管。
肾损伤会激活肾素-血管紧张素-醛固酮系统，导致交感神经紧张和体液超负荷，从而加剧高血压和肾单位丢失。
糖尿病
糖尿病是慢性肾脏疾病的最常见原因。高血糖是肾病的独立危险因素。
糖尿病肾病的病理生理很复杂，最有可能涉及血液动力学和葡萄糖依赖性因素，包括晚期糖基化产物的积累，内皮功能障碍和肾小球内血压调节的丧失。
慢性肾脏疾病
血脂异常
血脂异常是心血管疾病的主要危险因素，也是进行性肾脏疾病的常见并发症。大多数患有慢性肾脏疾病的患者的血脂异常，增加了其发生动脉粥样硬化的风险。
在慢性肾脏疾病中，最明显的脂质异常是甘油三酯水平升高，可能是由于清除不良所致。
患有慢性肾脏疾病也具有低密度脂蛋白（LDL）胆固醇的高密度脂蛋白（HDL）胆固醇的升高率。
LDL胆固醇，包括脂蛋白（a），具有促动脉粥样硬化作用，并且在患有慢性肾脏疾病的患者中其水平略有升高。
氧化的LDL胆固醇的水平也升高；这些胆固醇激活促炎途径，从而促进动脉粥样硬化和内皮功能障碍。HDL胆固醇水平降低，表明抗动脉粥样硬化作用丧失。
贫血
慢性肾脏疾病的贫血为正常血红细胞和正常血红细胞性贫血。它的发生主要是由于功能性肾小管细胞质量下降导致促红细胞生成素的产量降低。
贫血会导致疲劳，运动能力下降，认知能力下降和免疫力下降。因此，它降低了生活质量。
另外，由于贫血而增加的心脏工作量可导致左心室肥大和适应不良的心肌病。这些状况会增加因心力衰竭或局部缺血性心脏病导致的死亡风险。
慢性肾脏疾病
骨质增生
矿物质代谢和骨骼结构的变化在慢性肾脏疾病的早期开始。这些变化包括囊性纤维性膀胱炎（由于继发性甲状旁腺功能亢进）；较不常见的是骨软化症（矿化不良）；和无动力性骨病（无细胞活性）。
纤维变性囊性囊肿是主要的骨缺损，其特征是骨骼更新增加，导致皮质骨减少和骨骼强度受损。骨病会导致疼痛并增加骨折的风险。
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