1、致病菌耐药
由于发病初期治疗不规范，盲目用药、破坏内环境，并造成细菌耐药，疗效不佳，时好时坏，导致持续的男性尿道炎发生。
2、潜伏隐匿感染
部分微生物引起的男性经抗生素治疗后，因药效和疗法的缺陷细菌将进入潜伏感染状态，在饮酒、劳累、精神紧张等因素可能诱使潜伏致病菌繁殖，从而出现症状，即男性尿道炎复发。
3、隐深部位的感染
由于致病菌隐藏于组织深层，以及潜藏于尿道隐窝，尿道旁腺等部位，使得药物很难对其全面杀死，给康复留下了后患。同时急性男性尿道炎有可能伴发前列腺炎。
4、并发症的影响
如若病情反复，长期炎性损害，造成尿路黏膜、肾盂肾盏受损、纤维化、变形，尿路梗阻、畸形影响了正常的尿液引流和治疗，都给男性尿道炎的治疗带来影响，使得传统的药物治疗疗效不佳，治疗更加困难。
5、免疫力低下
由同时有些患者免疫力低下，如合并有糖尿病、肿瘤、肝病、营养不良或其他慢性疾病，对男性尿道炎的治疗也造成很多困难。
6、神经过敏因素
某些尿道刺激症状源于精神因素，是神经官能症的一种特殊表现。一些具有过敏体质的病人，抗过敏治疗获得一定疗效，说明一部分病人与变态反应有关。
生病切忌盲目应对采取科学治疗是关键
对于患者的这种行为，医生们是强烈反对的：因为这种“自我疗法”不仅达不到理想疗效，更有可能适得其反，错过早期的最佳治疗时间，拖成慢性病，使治疗难上加难。更会带来前列腺炎、精囊腺炎、附睾炎、输精管梗阻、精子数量质量的降低、阳痿、早泄、不育等并发症。
