不孕症有多种原因，部分患者不孕因子宫内膜异位引起。但子宫内膜异位者不是100%不能怀孕。子宫内膜异位症可引起卵子质量下降；其次使得输卵管僵硬，有部分巧克力囊肿较大，输卵管抓卵功能受到一定影响；此外，子宫内膜位置也会受到一定影响，因此怀孕机会下降。但并非不能怀孕。
如子宫内膜异位症患者怀孕，对子宫内膜异位症本身是一种治疗。假孕疗法，即用药物形成类似怀孕改变的状态，为子宫内膜异位症的治疗方法。
子宫内膜异位症患者不孕率高达40%，而且在不明原因的不孕症患者中，子宫内膜异位症可以高达80%，子宫内膜异位症可能会导致不孕，原因是多方面的：
1、子宫内膜异位症可能导致卵巢功能异常，包括卵子质量下降、排卵异常、卵巢储备功能下降、黄体功能不全等；
2、子宫内膜异位症可能导致盆腔内微环境改变，腹腔液成分发生改变导致排出的卵子质量受损；
3、子宫内膜异位症的病灶还可以刺激周围组织导致炎性因子释放，从而出现盆腔以及输卵管粘连、纤维化、管壁变硬、输卵管内膜纤毛受损，即使有侥幸的卵子、优质卵子被捕获，也可能出现受精以及运输障碍；
4、子宫内膜异位症的在位子宫内膜也可能出现异常，使胚胎生存的土壤发生异常从而不利于胚胎着床；
5、子宫内膜异位症的患者免疫功能也可能是异常的，来自自身的异位病灶被当作异物，在清除的过程中可能产生多种自身抗体造成免疫损伤而导致不孕。
