肥胖主要是通过改变月经周期和排卵来降低女性生育力。研究证实，BMI超过25Kg/m2会有更长的卵泡期、更短的月经期和更低的生育水平。
月经周期的异常也会导致体重增加，同时体重增加也会增加月经异常的比率，由此形成恶性循环。BMI超过30Kg/m2的女性比<30Kg/m2的女性，月经改变、不孕的比率增加了３倍。
在肥胖女性中，肥胖引起的激素改变又引起子宫内膜容受性下降，导致流产率增加。肥胖与性激素代谢功能异常之间存在着互为因果的关系，肥胖妇女胰岛素代谢异常，雄激素改变和雌、雄激素失衡是导致肥胖妇女生育力降低甚至不孕的重要发病机制。
除此以外，肥胖女性与正常体重女性相比，卵母细胞的平均数量并没有改变，但卵母细胞质量较差，很难发育成熟并且正常排出。人群研究结果显示，BMI与体外受精术中排卵子数目存在负相关，同时肥胖患者的获卵数也明显低于正常人群。
无论是自然受孕还是辅助生育，肥胖患者妊娠后流产的风险均增加，并增加了妊娠期糖尿病、高血压、胎儿生长异常等风险。但是，这种风险不仅局限在妊娠，在产后的很长一段时间内，肥胖女性的糖尿病和心血管疾病的发病率都较正常女性增高。
