阴道毛滴虫对甲硝唑很敏感，而且因为病症不仅仅局限于阴道，需要全身用药，最有效的就是甲硝唑口服。不过甲硝唑的副作用比较明显，像胃肠道症状如恶心、呕吐等，还有一些比较少见但较为严重，如白细胞减少、皮疹等，一旦出现应停止继续服药。
假如对口服甲硝唑的副作用无法耐受，可以考虑用局部治疗法，即使用内置药物，一般选用甲硝唑阴道泡腾片。不过注意放置药物时要做好个人卫生清洁。
滴虫阴道炎最主要的传播途径是性生活传播，所以女方在治疗的同时，男方也要进行相应的检查和治疗，并且应当停止性生活，否则只治疗女方，而忽视男方，或是两人在未治愈之前保持有密切接触，就会造成重复感染，无法根治。
患有滴虫阴道炎的女性及其性伴侣，所穿的内裤、洗澡擦身用的毛巾都要用开水煮沸十分钟，并置于太阳下充分晾晒，女性洗漱用的水盆也要用开水反复烫过、晒干，以尽可能地消灭附着在上面的滴虫。
有滴虫性阴道炎的患者平时尽量不要去公共游泳池、温泉、浴池等地方，万一去了，也不要使用那里提供的公用浴巾，一旦有人携带有滴虫，污染了水源或是毛巾，就有可能会令你被间接感染致病。
滴虫性阴道炎的患者在酒店或是其他一些公共场合上洗手间时，不要使用座便器，如果实在没有蹲式便池，也要想办法不要让身体直接接触座便器，以免交叉感染。自家的座便器也要经常进行清洁消毒工作，保持卫生。
增强阴道的防御能力：用0。5～1%乳酸或醋酸或1∶5000高锰酸钾溶液冲洗阴道，或加用葡萄糖粉撒入阴道，以恢复阴道的正常生理防御功能，抑制滴虫的生长繁殖，以达到预防发病的目的。
