慢性丛集性头痛在男性中更为普遍，通常开始于20至40岁之间。治疗的重点是避免诱因，包括丛集期预防和慢性丛集性头痛患者的长期治疗。
支持补充氧气，舒马曲坦和佐米曲普坦用于急性发作性丛集性头痛的治疗。维拉帕米是一线预防性疗法，也可用于治疗慢性丛集性头痛。
在慢性丛集性头痛难治性病例中，包括神经刺激和手术在内的更具侵入性的治疗可能会有所帮助。
慢性丛集性头痛
预防丛集性头痛
1、维拉帕米：每天至少口服240毫克（单剂或分剂）；可能会出现腹部不适，心动过缓，便秘，水肿，牙龈增生，低血压；需要进行心电图检查以监测PR间隔延长，心轴改变或QRS增宽
2、类固醇：每天口服泼尼松50至80毫克，在10至12天内逐渐减少；可能会出现高血糖，高血压，食欲增加，失眠，神经质
3、枕下注射：12.46 mg倍他米松二丙酸酯加5.26 mg倍他米松磷酸二钠加0.5 mL利多卡因，2％；可能会出现短暂注射部位疼痛
4、丙戊酸：每天600至2,000毫克；可能会出现脱发，厌食，头晕，失眠，恶心，嗜睡，自杀意念，血小板减少症，虚弱，体重增加肾或肝功能不全的患者慎用；可以与舒马普坦一起使用。
5、托吡酯：口服25毫克，持续7天，然后每周增加每天25毫克，每天最多增加400毫克；可能会出现头晕，感觉异常，说话缓慢；大部分耐受良好；肾结石症患者禁忌
6、麦角胺：每天口服3至4毫克，分次服用，持续三周；每天最多6毫克或每周最多10毫克；在预期的头痛发生前或睡前服用30至60分钟，以治疗夜间丛集性头痛。
可能会出现心绞痛，纤维化（心脏瓣膜，腹膜后，胸膜肺），心肌梗塞，瘙痒，眩晕。
禁忌于患有周围血管疾病，高血压或心脏病的患者；肾或肝功能不全的患者慎用；不应在曲普坦24小时内服用。
7、褪黑素：睡前口服10毫克
8、辣椒素：鼻内应用每天三四次
慢性丛集性头痛
治疗丛集性头痛
维拉帕米和碳酸锂是治疗慢性丛集性头痛的主要药物。
一项比较维拉帕米和锂盐的双盲交叉研究表明，维拉帕米组的头痛指数降低了50%，锂盐组的头痛指数降低了37%。
脑深部刺激也是治疗难治性慢性丛集性头痛的一种选择。
维拉帕米：每天至少240毫克（单次或分次口服），可能会出现心动过缓，便秘，水肿，胃肠道不适，牙龈增生，低血压
碳酸锂：每餐含800至900毫克，分口服剂量，可能会出现甲状腺功能低下，尿崩症，尿毒症，多尿，震颤。血清锂水平应至少每六个月监测一次，并应改变剂量；甲状腺和肾功能也应监测
脑深部刺激：仅用于难治性慢性丛集性头痛；该作用被认为与下丘脑直接刺激无关，并且电极错放不太可能引起故障。可能会出现排尿性晕厥，皮下感染，暂时性意识丧失
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